為推廣自然科學教育，培養本市國小學童認識當地的自然文化資源，在化石館休館期間，市府文化局特別主動出擊，以菜寮化石館館藏化石為主題，規畫校園巡迴展示活動，展覽不打烊。今年3至5月巡迴五甲國小、仁德國小、大灣國小、大成國小、歸仁國小、大社國小、龍潭國小等七所國小的展示及教育推廣，計有6,000多位學校師生共同參與學習，活動圓滿成功，深獲好評。

今年春季的「化石趴趴Go～菜寮溪化石校園巡迴展」主要展示左鎮菜寮溪出土古象、犀牛、鹿科、牛科、獼猴、野豬、古鱷、水牛、虎、鯊魚、鯨魚等珍貴化石標本計300多件、現生標本計100多件及犬科完整骨架1件，另外也提供早坂犀牛拼拼樂、化石遊戲卡拼圖競賽，藉由近距離觀察、觸摸體驗互動式學習，提高學童學習興趣。

文化局表示，「左鎮菜寮化石文化園區」為本府所推動「新十大旗艦計畫」重要亮點建設之一；未來將整合化石館、自然史教育館及光榮國小，達到文化教育雙重目標。全新面貌所呈現的「左鎮菜寮化石文化園區」，將會是一座具有地方自然文化特色的現址博物館，園區除將肩負強化菜寮化石館提供臺灣古脊椎動物學研究之積極任務，也將成為社會大眾、中小學生與老師進一步認識臺灣自然史、臺南地區化石特色和臺灣動物起源、發展與演化，以及實地體驗野外地層踏查、化石採集學習之重要場域。

由於菜寮化石館在今明兩年（106年初至107年底）處於改建期間暫停對外開放，文化局特別感謝本市多所國小校長協助推動巡展深化自然科學教育，讓化石館能分年度舉辦化石行動列車走入校園，培養本市國小學童從古生物化石瞭解物種的演化和生物多樣性，也藉此宣傳化石文化園區未來願景。

館方表示，預計下半年度新學期開始將續辦理七所校園巡迴展示，持續發揮菜寮化石館在地博物館的行動力，深入校園培育種子教師並培養國小學童對大自然敏睿的觀察力，使孩子學會尊重自然生態環境，加入愛護自然的行列。